A. Typ Schwimmteich – stehendes Gewässer
In einem Schwimmteich ohne nennenswerte Strömung funktioniert die Reinigung in erster Linie durch die lebenden Akteure im Wasser selbst. Nährstoffeinträge (Badegäste, Staub etc. etc.) verursachen vorerst Schwebealgen, die in der Folge von Kleinkrebsen gefressen werden. Die kurzlebigen Organismen sinken zu Boden und bilden eine Schlammschicht mit zunehmender Stärke. Die Entnahme des Schlamms (z. B. durch Absaugung) ist gleichsam die Pumpe, mit der Nährstoffe aus dem System entfernt werden können. Hält sich der Nachschub an Nährstoffen in Grenzen, bleiben Trüben und Algenbildungen über das Jahr gesehen unauffällig.
B. Typ Naturpool – durchströmtes Gewässer
Im Naturpool funktioniert die biologische Reinigung grundsätzlich anders als im Schwimmteich. Nährstoffe werden in einem speziellen Filter über die Bildung von Biofilm festgelegt und so dem Wasser entzogen. Um ein Verstopfen des künstlich durchströmten Filters zu verhindern, muss der Biofilm regelmäßig geerntet werden. In der Regel wird das durch Ausfaulen und Rückspülen oder auch durch spezielle Vorrichtungen erledigt. Um den Nutzbereich des Pools algenfrei zu halten, muss der Filter korrekt dimensioniert und durchströmt werden. Ansonsten drohen Trüben oder Fadenalgen.
C. Wasserreinigung durch Pflanzen
Höhere Pflanzen spielen entgegen der landläufigen Meinung bei der Selbstreinigung von Schwimmteichen und Naturpools nur eine geringe Rolle. Speziell Sumpfpflanzen (Rohrkolben, Binsen etc. etc.) beziehen ihre benötigten Nährstoffe in erster Linie über die Wurzeln aus dem Sediment oder dem Substrat und kaum aus dem Wasser. So nutzen sie Ressourcen, die über die Sedimentation (siehe Schwimmteich) ohnehin bereits aus dem Kreislauf ausgeschieden waren.
Echte Unterwasserpflanzen (Hornkraut, Tausendblatt etc.) können dagegen in entsprechender Dichte zur Wasserreinigung beitragen, indem sie Nährstoffe aus dem Wasser direkt aufnehmen. Speziell in funktionierenden Naturpools sind Unterwasserpflanzen aufgrund der Nährstoffknappheit allerdings nicht am Leben zu erhalten.
Kombination der Reinigungsmechanismen
Vor einer Kombination der beiden Hauptreinigungsmechanismen (Sedimentation bzw. Biofilmbildung) in einem Gewässer ist abzuraten, da sie einander stören. So verhindert die für die Biofilmbildung nötige Durchströmung eine effektive Sedimentation. Das Ergebnis von vermischten Systemen (ein bisschen Schwimmteich, ein bisschen Filtration) ist sehr häufig starke Fadenalgenbildung.